En 1701 los misioneros jesuitas Eusebio Kino y José Ma. Salvatierra fundaron la Misión de San José de Guaymas a varios kilómetros de la bahía.
En 1703 el padre Salvatierra arribó a la bahía para aprovisionar desde ahí las misiones a su cargo constituyéndose la zona como una dependencia de la Misión de Loreto. El pueblo fue abandonado y restablecido en varias ocasiones debido el peligro que presentaban los seris rebeldes. En 1767 el Virrey Marqués de Croix ordena el reconocimiento de la bahía de Guaymas, a fin de aprovecharla durante el desarrollo de las operaciones militares de la "Expedición Sonora". En 1769 Don José Gálvez decretó la fundación de Guaymas. En 1811 se autoriza el tráfico comercial marítimo en el puerto; en 1814 las cortes españolas lo habitaban para el comercio nacional y en 1823 se establece la aduana marítima. En 1825 se le otorga categoría de municipio En 1837 se confirma como puerto de altura; el 13 de julio de 1854 el General José Ma. Yáñez encabeza a los porteños en defensa de Guaymas y la integridad nacional, derrotando al filibustero francés Conde Gastón Rousset de Boulbon que pretendía apoderarse de Guaymas. el 13 de julio de 1859 se otorga el título de ciudad; en 1862 el congreso local decreta "la ciudad de Guaymas se denomina en lo sucesivo Guaymas de Zaragoza".
En 1925 se construyen las primeras instalaciones portuarias en Punta de Lastre, constituidas por el muelle de la zona naval.
En 1942 se constituyen el muelle y bodega de La Ardilla, instalaciones en las que comienza a esbozarse la zona comercial.
Para 1954 las actividades comerciales comienzan a tener un papel relevante por lo que se construye el muelle, patio, conformado por las bandas Este y Sur, así como el patio fiscal.
En 1961 se construye el muelle de PEMEX para la descarga de fluidos, y para el suministro de buques, se construye el muelle de combustibles.
Para 1964 dos importantes obras se realizan en el Puerto, una es el Varadero Nacional ejecutado por la Secretaría de Marina para las reparaciones navales, y la otra son los silos edificados por Almacenes Nacionales de Depósito, para la exportación a granel.
En 1972 se enlaza por la vía marítima la Ciudad de Santa Rosalía, Baja California, con la construcción del muelle para transbordadores y se inicia la desconcentración de la actividad pesquera, con la construcción del Parque Industrial Pesquero "Sánchez Taboada" en el paraje nuevo.
En 1980 el impulso que se da a la zona en esta década es muy importante ya que se optimizan los tiempos de carga y descarga con la construcción del patio de contenedores, el muelle para gas, los muelles para reparaciones a flote, muelles de alistamiento, muelle Cooperativa Sánchez Taboada, además de otras obras con las que la iniciativa privada comienza a movilizar sus productos e insumos por vía marítima, como es el caso de la bodega de la Compañía Mexicana de Cobre, el muelle de Cementos Tolteca y los tanques de la Compañía Mexicana de Ácido Sulfúrico.
Cronología de Hechos Historicos
| Los misioneros fundaron las misiones de los pueblos yaquis; la natividad del señor de Vícam, San Ignacio de Tórim, Santísima Trinidad de Pótam, La Asunción de Ráhum, Santa Báarbara de Huíribis, San Miguel de Belem. | |
| Fundación de la ciudad de Guaymas. | |
| Se le da categoría de Municipio. | |
| Acción de armas, el general José María Yáñez encabeza a los porteños, en la defensa de Guaymas y la integridad nacional; derrotan a los filibusteros franceses comandados por el Conde Gastón Rousset Boulbon, que pretendía apoderarse de Guaymas. | |
| Buques franceses arriban al puerto, comandados por el general Gastagny; atacan a las fuerzas republicanas obligándolas a retirarse. La ocupación francesa duró hasta el 13 de septiembre de 1866. | |
| Se realiza el primer carnaval organizado en Guaymas. |
