Además de las abundantes y variadas cosechas que logran sus habitantes, destacan la pesca industrial, la ganadería y la avicultura, entre otras actividades.
El territotio que actualmente ocupa el municipio de Navojoa estuvo ocupado desde los tiempos prehispánicos por los indios mayos, cuya historia está íntimamente ligada al valle y al río del mismo nombre. El nombre de Navojoa proviene de la lengua mayo de las raíces "navo", nopal y "jova", casa; significa por lo tanto "lugar o casa de nopal".
En 1533 la expedición dirigida por don Diego de Guzmán visitó por primera vez la región. En 1593 el capitán Diego Martínez de Hurdaide, conquistó y pacificó a los mayos, incorporándolos al régimen colonial español.
A partir de 1610 se inicia la evangelización y la administración de los misioneros jesuitas, siendo los primeros y los más destacados los padres Andrés Pérez de Rivas y Pedro Méndez. En el sistema misional jesuita, Navojoa fue pueblo de misión, teniendo como lugares de visita a San Ignacio de Cohuirimpo, Masiaca y Camoyoa. Camoa fue también pueblo de misión con lugar de visita de San Ignacio de Tesia.
Por lo que respecta al gobierno civil, de los pueblos mayos dependieron durante la colonia de la alcaldía mayor del partido de Alamos que pertenecía a la provincia de Sinaloa.
Su primer ayuntamiento fue nombrado con base en la constitución del estado de occidente en 1825.
Al dividirse los estodos de Sonora y Sinaloa en 1831, la región del mayo pasó a formar parte del estado de Sonora junto con el partido de Alamos.
Después de 1857 fueron municipalidades los pueblos de Comoa, Cohuirimpo, Masiaca, Navojoa y Tesia, adscritos al distrito de alamos hasta 1917. Estas municipalidades fueron desapareciendo e integradas al municipio de Navojoa en la primera decada del siglo XX.
La cabecera municipal estuvo situada originalmente en el margen izquierdo del río Mayo en lo que hoy se conoce como Pueblo Viejo o Navojoa Viejo. La actual ciudad de Navojoa tuvo su origen en la estación del ferrocaril sudpacífico construida en 1907, cerca del antiguo pueblo. En diciembre de 1914, a raíz de que Navojoa Viejo fue arrastrado por una creciente del río Mayo, la mayoría de la población se transladó a los terrenos contiguos a la estación. El 17 de diciembre de 1917, la legislatura autorizón el cambio de cabecera del pueblo viejo al poblado que se había formado junto a la estación por decreto del 6 de 6 de julio de 1923, se le otorgó la categoría de Ciudad.
Cronología de Hechos Historicos
| Llega el misionero jesuita Andrés Pérez de Rivas. | |
| Derrotan los mayos al sargento Pedro Bojórquez en el pueblo de Cohuirimpo, tres leguas abajo de Navojoa, comandados por el indio Calixto levantado contra la dominación española. | |
| Los misioneros jesuitas abandonan la región del Mayo al ser expulsados de la Nueva España. | |
| El pueblo de Navojoa tiene su primer Ayuntamiento | |
| Sublevación de los mayos en contra del gobierno, encabezado por los caciques Juan Tebas y Miguel Torigoqui, atacan la plaza de Navojoa. | |
| Llega la línea del Ferrocarril subpacífico construyéndose la estación. | |
| Visita del candidato a la Presidencia don Francisco I. Madero. | |
| Levantamiento de los primeros maderistas en Pueblo Viejo Navojoa, contando como jefe al coronel Severiano Talamante. | |
| La visita del primer jefe de la Revolución Constitucionalista don Venustiano Carranza. | |
| Primer reparto agrario formándose el el ejido de Navojoa. | |
| El 25 de abril es bombardeada la ciudad de Navojoa por el Ejército Federal que combatía la llamada renovación, muriendo algunos civiles. | |
| Creciente del río Mayo, pérdidas materiales | |
| Se construye la presa Adolfo R. Cortines, que beneficiaría a toda la región del Mayo. |
