Es uno de los centros de población más jóvenes del estado de Sonora. Puerto Peñasco inició su formación hacia 1927 como un simple campo pesquero; a partir de esa fecha, pescadores de diversas partes del estado, como Guaymas, Bahía Kino, Puerto Libertad y Puerto Lobos, entre otros, empezaron a llegar durante las temporadas de pesca, asentándose y viviendo en forma improvisada en carpas y cuevas que encontraban entre los riscos de cerros sobre dunas arenosas.
Para 1929 el lugar era conocido como Punta de Piedra o Punta Peñasco. Debido al gran macizo de origen volcánico que se introduce en las aguas del Mar de Cortés, el atractivo principal de este campo pesquero era la extraordinaria abundancia de la totoaba, pescado de enormes dimensiones, muy apreciado en los Estados Unidos de Norteamérica, no tanto por su carne, sino por su valor medicinal.
Entre los primeros pobladores de este lugar se encuentra Víctor Estrella, Benjamín Bustamante, Melquiades Palacio, Luis y Juan Mercado y muy especialmente doña Tecla Bustamante, a quien se reconoce como la primera en establecerse definitivamente.
En 1932, al extenderse los asentamientos, se creó una delegación de policía, dependiente de la comisaría de Sonoyta, dentro de la jurisdicción del municipio de Caborca. Para 1941 , Punta Peñasco contaba con 187 habitantes dedicados a las actividades pesqueras o que trabajaban en la construcción del ferrocarril Sonora-Baja California, cuyo tramo Mexicali-Puerto Peñasco, fue inaugurado en 1940. El 4 de diciembre de 1941 se declaró Comisaría Municipal.
La Dirección General del Ferrocarril (Sonora-Baja California) fomentó nuevos asentamientos e inició el trazo y la planificación de la futura ciudad de Puerto Peñasco, debiendo de este modo buena parte de su desarrollo al ferrocarril que integró a la Baja California con Sonora y el resto del país . Más recientemente la pesca del camarón ha contribuido significativamente al desarrollo económico de esta localidad.
Por medio de la Ley Núm. 136 del 9 de julio de 1952 se erigío el municipipo de Puerto Peñasco, separandose del municipio de Caborca y comprendiendo las localidades de Sonoyta, Bahía La Choya, 21 de Marzo y Cuauhtémoc.
Un caso particular es la historia de Sonoyta, la segunda población del municipio, que cuenta con una historia propia, ya que fue el pueblo de misión fundada en 1694 por los misioneros de la Compañía de Jesús con el nombre de San Marcelo de Sonoitac. En el pueblo misional se avecindó una rama de indígenas pimas llamados sobahipuris. Como misión, Sonoita dependía de Guevavia, actualmente ubicado al otro lado de la frontera en el estado de Arizona.
En este lugar se descubrieron minas las aledañas en 1836. Cabe señalar que Sonoyta tuvo la categoría de municipio dependiente del Distrito de Altar durante algunos periodos del siglo XIX.
Cronología de Hechos Historicos
| Se fundó la misión de San Marcelo de Sonoitac en la localidad de Sonoyta. | |
| Formación de un campo pesquero en lo que hoy es Puerto Peñasco. | |
| Obtuvo la categoría de delegación de policía municipal. | |
| Inauguración del ferrocarril Sonora-Baja California. | |
| El 4 de diciembre se erige en comisaría municipal. | |
| El 9 de julio se erige el municipio de Puerto Peñasco. |
